Les ressources du Programme SYGADE viennent principalement de 4 sources:
- Les contributions des donateurs au fond fiduciaire central du SYGADE
Les activités principales du Programme SYGADE, notamment le développement et la maintenance du logiciel, le support technique aux utilisateurs, le développement de modules de renforcement des capacités, la coordination avec les partenaires, etc., sont financées par un fond fiduciaire pluriannuel central. Les donateurs actuels incluent l'Allemagne, l'Irlande, les Pays Bas, la Norvège et la Suisse ainsi que l'Union Européenne.
- Le partage des coûts avec les pays et les institutions bénéficiaires
L'une des particularités du Programme SYGADE – en comparaison avec d'autres programmes d'assistance technique – est qu'il génère une partie de ses ressources du compte fiduciaire central par le biais d'un mécanisme de partage des coûts avec les bénéficiaires. Les institutions bénéficiant du support du Programme SYGADE contribuent au financement du Programme en s'acquittant de la contribution unique au développement du système. et en couvrant annuellement les frais de maintenance.
- Les fonds fiduciaires spécifiques pour les projets nationaux
Les activités nationales spécifiques (comme par exemples les activités liées à la mise en oeuvre du logiciel SYGADE, la formation et les services aux pays) sont le plus souvent financés sur une base bilatérale par des fonds fiduciaires ad hoc spécifiques pour chaque projet. Ils permettent la mise en oeuvre des activités de renforcement des capacités dans le pays concerné, conformément à un document de projet. Les différentes sources de financement des projets nationaux sont les bénéficiaires eux-mêmes, les donateurs bilatéraux ou d'autres organisations et institutions internationales telles que le PNUD, la banque mondiale, la banque asiatique de développement, la banque interaméricaine de développement ou encore la banque africaine de développement. Un nombre croissant de pays à revenu intermédiaire financent entièrement leurs projets nationaux, en finançant directement les produits et services fournis par le programme SYGADE.
- Contribution de la CNUCED
La CNUCED contribue au Programme SYGADE par le financement de cinq postes, y compris des postes clés dans la gestion du programme, et d'un poste à temps partiel sur le budget régulier.